90年9月納莉颱風造成基隆河歷生最嚴重之洪災，經統計16日～18日基隆河流域平均3日暴雨量約972mm(大於基隆河200年發生一次頻率之降雨量)，淹沒範圍包括臺北市之松山、內湖、南港、信義及中山區，新北市之平溪、瑞芳、汐止等區及基隆市之暖暖、六堵、七堵區。
自15日11時開始降雨，統計至17日12時止，本府設置之雨量站中，出現較大之累計雨量者，分別為湖田站821公厘、大屯站678.5公厘、三興站811.5公厘、至善站829公厘；另中央氣象局設置之雨量站中，測得較大雨量者，分別為竹子湖站1002.6公厘、石碇站757公厘、火燒寮站755公厘。由各雨量站監測所得之降雨資料，推估本市各流域之平均雨量為大漢溪流域約500公厘、新店溪流域約725公厘、基隆河流域約755公厘、磺港溪流域約678.5公厘、磺溪流域約821公厘、雙溪流域約661公厘。
自15日11時開始降雨，統計至17日12時止，本府設置之雨量站中，出現較大之累計雨量者，分別為湖田站821公厘、大屯站678.5公厘、三興站811.5公厘、至善站829公厘；另中央氣象局設置之雨量站中，測得較大雨量者，分別為竹子湖站1002.6公厘、石碇站757公厘、火燒寮站755公厘。由各雨量站監測所得之降雨資料，推估本市各流域之平均雨量為大漢溪流域約500公厘、新店溪流域約725公厘、基隆河流域約755公厘、磺港溪流域約678.5公厘、磺溪流域約821公厘、雙溪流域約661公厘。
- 淡水河系—臺北橋監測站之最高水位發生於9月17日2時，為3.70公尺(警戒水位2.40公尺)。
- 基隆河系—大直橋監測站之最高水位發生在9月17日2時，為7.65公尺(警戒水位3.10公尺)。
- 景美溪—寶橋監測站之最高水位發生在9月17日0時，為18.54公尺(警戒水位15.0公尺)。
- 9月15日下午3時完成了所有堤防的巡視作業。
- 9月15日下午3時完成了全市50處永久抽水站和19處臨時抽水站的抽水機檢修工作。
- 試車運轉及當日下午5時完成了全市各閘閥門的試操作工作，試操作結果均正常。
- 養工隊各轄區分隊共備妥58000包砂包，用於防災和救災用途。並於15日更換了渡頭堤防破損的砂包。
- 南湖大橋上游右岸防洪臨時措施預留的通行缺口已經用砂包封堵完畢，達到9.5公尺標高。並於15日18時通知國道新建工程局第一區工程處加強防颱準備。
- 對於較具危險性、容易發生坍方的地區，養工隊第二、五、七分隊負責進行詳細檢視，如有特殊狀況則向養工處防颱中心回報，以便立即處理。
- 準備了六組移動式抽水機，用於在社子島加強中洲抽水站的抽水能力。
- 根據規定程序，將大湖和碧湖的湖水提前放水，使其保持在安全水位。
- 景美溪木柵高工附近尚未築堤地區發生河水溢堤現象，造成秀明路至軍功路段標高19.4公尺之木栅路四段一帶嚴重積水，其最高水位約達標高22.04公尺，更甚於去年象神颱風期間之積水高度，使本市萬芳抽水站大門等雖已堆砌砂包至象神颱風淹水高度，惟本次淹水仍超過以往之高度，致站房進水，而無法繼續發揮抽排水功能。
- 基隆河左岸於大坑溪匯流口及右岸東湖地區，因堤防尚未施築至預定高度11.56公尺，其中國道新建工程局代辦堤防段高程僅達10至10.5公尺，而大坑溪現有堤防頂高程在鐵路橋處僅達10.2公尺，至於右岸部份，南湖大橋上游處臨時堤防堤頂高程因考量内溝溪汐湖橋下排水箱涵高程，僅達9.5公尺，復以大坑溪、四分溪上游洪流過大影響，而發生河水溢堤現象，最高洪水位達到標高13公尺以上，以致造成南港及内湖部分地區嚴重積水。
- 磺港溪光明橋附近區域，因洪水流量過大超出現有排洪設施之負荷量，亦於光明橋上游處發生部分河水溢流情事。
- 磺溪左岸建德橋上游處，因堤防下方發生管湧現象，造成附近文昌國小及英國學校等地勢低窪地區之積水問題。
- 因9月16日適逢大潮及基隆河、景美溪水位暴漲超過200年重現期洪水溢流，而市區内降雨強度過大且延時過長，超出本市抽水站之設計標準，致抽水機組及其附屬設備均超過負荷；惟為顧及市民生命、財產安全，各抽水站之駐站人員雖盡全力操作，然因堤內降雨強度過大積水過高，使玉成、大直、濱江及洲美二等四座抽水站之抽水機組或其附屬設備遭洪水淹沒，而喪失其抽排水功能。另南港、南湖、成功及萬芳等四座抽水站，則因前述基隆河及景美溪河水溢堤結果，致遭洪水淹沒，而無法運轉。
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